氨氮去除菌主要為硝酸菌和亞硝酸菌，主要起到硝化氧化的作用，這類菌屬于好氧菌，亞硝酸菌氧化氨形成 亞硝酸鹽，亞硝酸鹽再經過亞硝酸菌氧化形成硝酸鹽，其作用結果是將氨氮轉化為亞硝酸鹽和硝酸鹽，從而達到去除氨氮的目的。

　　總氮去除菌主要為反硝化菌，所起的作用為反硝化脫氮。總氮去除菌是在氨氮去除菌作用的基礎上，通過接受氨氮去除菌的產物亞硝酸鹽和硝酸鹽，將其產物轉化為N2和水，N2釋放到空氣中，使氮從水中脫離，達到去除總氮的目的。總氮去除菌為兼性厭氧菌，即缺氧菌，需要的氧氣量比氨氮去除菌要少。因此氨氮去除菌和總氮去除菌常常被一同應用，已形成多種成熟的處理工藝，常見的工藝技術就有A2O工藝、AO工藝、氧化溝工藝、SBR工藝的部分，可以直接將氨氮轉化為N2和水，是一種完全厭氧菌種，其優點顯而易見。油脂分解菌油脂分解菌主要的作用機理是在分解酶的作用下，將由脂肪酸結合而成的甘油切斷，形成可以被微生物吸收的物質，通過微生物吸收進體內進行新陳代謝，得到降解。

　　COD降解菌種類較多，有發酵菌、水解酸化菌、產氫產乙酸菌、好氧菌等，在厭氧環境和好氧環境菌可以得到有 效降解，其作用原理相對復雜，通常對于有機物的降解主要是靠某些特定的微生物將大分子物質分解為小分子物質， 然后再通過細菌等對小分子進行利用。